אבחון בעיות באישונים הוא תהליך חשוב בבדיקת העיניים, שכן האישונים משמשים כמדד למצב מערכת העצבים והראייה. הרופא בודק את גודל האישונים, את תגובתם לאור, ואת סימטריות התגובה בין שתי העיניים. בדיקה זו כוללת שימוש בפנס קטן להארת העיניים ומעקב אחר התכווצות והתרחבות האישונים. אישונים שאינם מגיבים כראוי, או שיש הבדל משמעותי בין שתי העיניים, עלולים להצביע על בעיות נוירולוגיות, פגיעה בעצב הראייה, או מחלות אחרות. לעתים, נדרשות בדיקות נוספות כמו הדמיה של המוח או בדיקות דם כדי לאבחן את הסיבה המדויקת לבעיה באישונים.

מחלות עצב הראייה מתייחסות למגוון מצבים הפוגעים בעצב האופטי, שאחראי להעברת מידע חזותי מהעין למוח. מחלות אלו יכולות לגרום לאובדן ראייה חלקי או מלא, שינויים בראיית צבעים, וכאבי עיניים. הסיבות למחלות אלו מגוונות וכוללות דלקת (כמו בדלקת עצב הראייה), לחץ מוגבר (למשל בגלאוקומה), בעיות בזרימת הדם, או גידולים הלוחצים על העצב. גורמים נוספים יכולים להיות מחלות אוטואימוניות, זיהומים, או חבלות. האבחון מתבצע באמצעות בדיקות עיניים מקיפות, בדיקות דימות, ולעתים בדיקות דם. הטיפול תלוי בסיבה הספציפית ועשוי לכלול תרופות, ניתוח, או טיפולים אחרים לשיפור תפקוד העצב ומניעת נזק נוסף.

כפל ראייה, (בלועזית: דיפלופיה), הוא מצב שבו אדם רואה שתי תמונות של אותו עצם במקום תמונה אחת. זה יכול להיות אנכי, אופקי, או אלכסוני, וקבוע או לסירוגין. כפל ראייה נגרם כאשר העיניים אינן מתואמות כראוי, כאשר המוח אינו מסוגל לשלב את התמונות משתי העיניים לתמונה אחת (פזילה), ופעמים רבות יכול להופיע בשל בעיה בתנועות העיניים (אחת או שתיהן). הסיבות לכך מגוונות וכוללות בעיות בשרירי העיניים (דלקות, מחלות שונות כמו מחלות עצב-שריר, לדוגמא מייאסטניה גראביס או בעיות בבלוטת התריס), הפרעות עצביות או מוחיות (גידולים, מחלות דלקתיות, אוטם מוחי וכדומה), לעתים ישנן הפרעות תנועות עיניים אשר לא יגרמו להופעת כפל ראייה אלא לסימפטומים אחרים כמו טשטוש ראייה, הטיה של הראש, פזילה/הטיה של העיניים ללא כפל ראייה. אבחון כפל ראייה/פזילה/בעיות מוטוריות של העיניים הוא תהליך מקיף הכולל מספר שלבים ובדיקות. ראשית, הרופא יבצע היסטוריה רפואית מעמיקה ובדיקה פיזית של העיניים. בדיקות ספציפיות כוללות הערכה מלאה של התפקוד הראייתי כולל חדות ראייה, שדות ראייה ,בדיקה מלאה של העיניים, וכן הערכת תנועות העיניים בכל הכיוונים, בדיקת יישור העיניים ותבחין כיסוי (cover test). בדיקות מתקדמות יותר עשויות לכלול אלקטרומיוגרפיה (EMG) לבחינת פעילות שרירי העין, ובדיקות הדמיה כמו CT או MRI לזיהוי בעיות מבניות או נוירולוגיות. במקרים מסוימים, ייתכן שיידרשו בדיקות דם לשלילת הפרעות מטבוליות או אוטואימוניות..האבחון המדויק חיוני לקביעת הטיפול המתאים, שעשוי לכלול משקפיים מיוחדים עם תיקון בפריזמות, תרופות, או במקרים מסוימים אף ניתוח על שרירי העיניים. 

אבחון בעיות עצביות של העפעפיים מערב גישה רב-תחומית ומקיפה. הרופא יתחיל בבדיקה פיזית מדוקדקת של העפעפיים, כולל הערכת סימטריה, תנועה ותפקוד. היסטוריה רפואית מפורטת תילקח לזיהוי גורמי סיכון או מחלות רקע. בדיקות נוירולוגיות ספציפיות יבוצעו להערכת תפקוד העצבים המעצבבים את העפעפיים, כגון העצב הפציאלי והעצב האוקולומוטורי. בדיקות אלקטרומיוגרפיה (EMG) עשויות לשמש להערכת פעילות חשמלית של שרירי העפעפיים. הדמיה של המוח, כגון MRI או CT, עשויה להידרש לשלול נגעים מבניים או דלקתיים. במקרים מסוימים, בדיקות דם יבוצעו לבדיקת הפרעות מטבוליות או אוטואימוניות. אבחנה מדויקת חיונית לקביעת הטיפול המתאים, שעשוי לכלול תרופות, טיפולים פיזיקליים או התערבות כירורגית.

גידולים של עצב הראייה ומסלולי הראייה הם צמיחות לא תקינות של תאים במערכת הראייה. הם יכולים להופיע בעצב הראייה עצמו, בצומת העצבים האופטי (כיאזמה), או לאורך מסלולי הראייה במוח. גידולים אלה עלולים להיות שפירים או ממאירים, וכוללים סוגים כמו גליומה של עצב הראייה, מנינגיומה, ואדנומה של בלוטת יותרת המוח. הסימפטומים יכולים לכלול אובדן ראייה הדרגתי, שינויים בשדה הראייה, בעיות בתנועות העיניים, וכאבי ראש. האבחון מתבצע בדרך כלל באמצעות הדמיה (כגון MRI) ובדיקות עיניים מקיפות. הטיפול תלוי בסוג הגידול, מיקומו וגודלו, ועשוי לכלול ניתוח, הקרנות, או כימותרפיה. אבחון מוקדם וטיפול מהיר חיוניים לשימור הראייה ומניעת סיבוכים נוספים.

יתר לחץ תוך גולגלתי ראשוני, הידוע גם כפסאודוטומור צרברי, הוא מצב רפואי נדיר שבו הלחץ בתוך הגולגולת עולה ללא סיבה ברורה. בניגוד ליתר לחץ תוך גולגלתי משני, אין בו גידול, דימום או חסימה הגורמים לעלייה בלחץ. המצב מאופיין בעלייה בלחץ נוזל השדרה (CSF) ללא שינוי בהרכבו. סימפטומים נפוצים כוללים כאבי ראש חמורים, טשטוש ראייה, צלצולים באוזניים ובחילות. אחד הסימנים האופייניים הוא בצקת של עצב הראייה (פפילאדמה). המצב שכיח יותר בנשים צעירות ובעודף משקל, אך יכול להופיע בכל גיל ומין. האבחון מתבצע באמצעות בדיקות עיניים, הדמיה מוחית וניקור מותני. הטיפול עשוי לכלול תרופות להורדת לחץ תוך גולגלתי, ירידה במשקל, ובמקרים חמורים - התערבויות כירורגיות. מעקב קפדני חיוני למניעת נזק לראייה.

מחלות בלוטת התריס יכולות להשפיע משמעותית על העיניים והראייה, בעיקר במקרה של פעילות יתר של הבלוטה (היפרתירואידיזם). המצב הנפוץ ביותר הוא מחלת גרייבס העינית, הגורמת לדלקת ונפיחות של הרקמות מאחורי העין. תסמינים כוללים בלט עיניים (אקזופתלמוס), יובש בעיניים, כפל ראייה, ובמקרים חמורים, לחץ על עצב הראייה. תת-פעילות של בלוטת התריס (היפותירואידיזם) יכולה גם להשפיע על העיניים, גורמת לנפיחות סביב העיניים ויובש. האבחון כולל בדיקות דם לתפקוד בלוטת התריס, בדיקות עיניים מקיפות, והדמיה של ארובות העיניים. הטיפול מתמקד באיזון רמות הורמוני התריס ובטיפול בסימפטומים העיניים, ועשוי לכלול תרופות, טיפולים מקומיים לעיניים, ובמקרים חמורים, ניתוח.

כפל ראייה, (בלועזית: דיפלופיה), הוא מצב שבו אדם רואה שתי תמונות של אותו עצם במקום תמונה אחת. זה יכול להיות אנכי, אופקי, או אלכסוני, וקבוע או לסירוגין. כפל ראייה נגרם כאשר העיניים אינן מתואמות כראוי, כאשר המוח אינו מסוגל לשלב את התמונות משתי העיניים לתמונה אחת (פזילה), ופעמים רבות יכול להופיע בשל בעיה בתנועות העיניים (אחת או שתיהן). הסיבות לכך מגוונות וכוללות בעיות בשרירי העיניים (דלקות, מחלות שונות כמו מחלות עצב-שריר, לדוגמא מייאסטניה גראביס או בעיות בבלוטת התריס), הפרעות עצביות או מוחיות (גידולים, מחלות דלקתיות, אוטם מוחי וכדומה),  לעתים ישנן הפרעות תנועות עיניים אשר לא יגרמו להופעת כפל ראייה אלא לסימפטומים אחרים כמו טשטוש ראייה, הטיה של הראש, פזילה/הטיה של העיניים ללא כפל ראייה. אבחון כפל ראייה/פזילה/בעיות מוטוריות של העיניים הוא תהליך מקיף הכולל מספר שלבים ובדיקות. ראשית, הרופא יבצע היסטוריה רפואית מעמיקה ובדיקה פיזית של העיניים. בדיקות ספציפיות כוללות הערכה מלאה של התפקוד הראייתי כולל חדות ראייה, שדות ראייה ,בדיקה מלאה של העיניים, וכן הערכת תנועות העיניים בכל הכיוונים, בדיקת יישור העיניים ותבחין כיסוי (cover test). בדיקות מתקדמות יותר עשויות לכלול אלקטרומיוגרפיה (EMG) לבחינת פעילות שרירי העין, ובדיקות הדמיה כמו CT או MRI לזיהוי בעיות מבניות או נוירולוגיות. במקרים מסוימים, ייתכן שיידרשו בדיקות דם לשלילת הפרעות מטבוליות או אוטואימוניות..האבחון המדויק חיוני לקביעת הטיפול המתאים, שעשוי לכלול משקפיים מיוחדים עם תיקון בפריזמות, תרופות, או במקרים מסוימים אף ניתוח על שרירי העיניים.